Les collections réunies à Saint-Flour par Alfred Douët sont d'une grande richesse.

Les œuvres, acquises pour la plupart à l'hôtel Drouot à Paris dans les années 1930, couvrent plusieurs millénaires depuis la préhistoire jusqu'à la première moitié du XXe siècle, et sont géographiquement issues de l'Europe entière (quelques pièces proviennent même d'Asie).

Les domaines les plus représentés sont les beaux-arts (peintures et sculptures) et les arts décoratifs (tapisseries, émaux, céramiques et verreries…) des XVIe et XVIIe siècles, en parfaite cohérence avec les bâtiments d'époque Renaissance. Mais d'autres secteurs sont présents (archéologie, numismatique, sigillographie…).

Ainsi voisinent une lame de silex collectée par Alfred Douët en 1902 sur le site de l'abri de la Madeleine à Tursac (Dordogne), une pyxide en émail champlevé de Limoges datant du XIIIe siècle, une poire à poudre ayant appartenu au cardinal Mazarin, une paire de jattes en porcelaine de la Compagnie des Indes de la fin du XVIIIe siècle, une sculpture d'Emmanuel Frémiet représentant le Grand Condé fondue vers 1882, une vitrine marquetée par Majorelle…

Depuis l'ouverture du musée en 1968 quelques dons sont venus enrichir le fonds. Aujourd'hui une politique d'acquisition raisonnée, mise en place par la Fondation Caisse d'Epargne d'Auvergne et du Limousin pour l'Art et la Culture, est soutenue par le Fonds Régional d'Acquisition des Musées (FRAM) et co-financé par
la Direction des Musées de France et le Conseil Régional d'Auvergne.